La Asamblea es el órgano máximo de deliberación y dirección de nuestra Red. Está constituida por intendentes/as, alcaldes/sas y prefeitos/as de las ciudades asociadas y sus sesiones son conducidas por el/la Presidente de Mercociudades. Se reúne una vez al año en la Cumbre de Mercociudades.

Durante la Asamblea se aprueba el Plan anual de Trabajo, asumen las autoridades de ese nuevo período, y es a la vez una instancia de contacto con diversos organismos regionales y mundiales interesados en realizar acciones en conjunto. La Asamblea concluye con una declaración política.