Dirección Ejecutiva
Como espacio oficial de la Red, la Presidencia trabaja de manera conjunta con las diversas instancias de Mercociudades, convocando y presidiendo específicamente las reuniones de trabajo del Consejo (órgano compuesto por ocho ciudades de cada país miembro del Mercosur, y por cuatro ciudades de cada país asociado, más la Comisión Directiva), las de la Dirección Ejecutiva, y las de la Asamblea General de Socios. En cada período esta Presidencia desempeña actividades en torno a un plan de trabajo aprobado en la cumbre anual de la Red. Acceda a mayor información sobre sus competencias en el Estatuto de Mercociudades.
Las vicepresidencias temáticas participan con derecho a voz y voto en la Dirección Ejecutiva, representan a la Red en diversos espacios regionales e internacionales y auxilian al Presidente en sus responsabilidades. Articulan y movilizan a las ciudades miembro coordinadoras o integrantes de las instancias temáticas de Mercociudades, afines al área temática que representan.
Es un organismo de apoyo de la Dirección Ejecutiva en las tareas de coordinación de la Red. La conforman la actual presidencia de Mercociudades, la anterior y la próxima.