La Unidad Temática, creada en 1996, se encarga de concretar proyectos de cooperación internacional que beneficien a las ciudades de la red, desarrollar acciones de capacitación e información sobre temáticas de interés, concretar la propuesta de conformar un banco de datos de las Mercociudades cuyas experiencias en el ámbito internacional hayan sido exitosas y busca innovar las herramientas de cooperación internacional.
La Unidad Temática, creada en 1996, se encarga de concretar proyectos de cooperación internacional que beneficien a las ciudades de la red, desarrollar acciones de capacitación e información sobre temáticas de interés, concretar la propuesta de conformar un banco de datos de las Mercociudades cuyas experiencias en el ámbito internacional hayan sido exitosas y busca innovar las herramientas de cooperación internacional.
Desde la Cumbre de Santo André en diciembre de 2005 la coordinación quedó a cargo de un grupo integrado por la Comisión Directiva y la Secretaría Técnica Permanente.