Como espacio oficial de la Red, la Secretaría Ejecutiva trabaja de manera conjunta con las diversas instancias de Mercociudades, convocando y presidiendo específicamente las reuniones de trabajo del Consejo (órgano compuesto por dos ciudades de cada país miembro del MERCOSUR, por una ciudad de cada país asociado y la Comisión Directiva), y las de la Asamblea General de Socios. En cada período esta Secretaría desempeña actividades en torno a un plan de trabajo aprobado en la cumbre anual de la Red.
Como espacio oficial de la Red, la Secretaría Ejecutiva trabaja de manera conjunta con las diversas instancias de Mercociudades, convocando y presidiendo específicamente las reuniones de trabajo del Consejo (órgano compuesto por dos ciudades de cada país miembro del MERCOSUR, por una ciudad de cada país asociado y la Comisión Directiva), y las de la Asamblea General de Socios. En cada período esta Secretaría desempeña actividades en torno a un plan de trabajo aprobado en la cumbre anual de la Red.
Su mandato es de un año y comienza a partir de la fecha en que se realiza la Asamblea General. Desde la constitución de la Red, la Secretaría Ejecutiva ha sido ejercida por Asunción (1995/6), Porto Alegre (1996/7), Córdoba (1997/8), Montevideo (1998/9), Belo Horizonte (1999/2000), Rosario (2000/1), Valparaíso (2001/2), Asunción (2002/3), Montevideo (2003/4), Buenos Aires (2004/5), Santo André (2005/6), Morón (2006-08) y Canelones (2008/2009). Actualmente la Secretaría Ejecutiva está a cargo de Rosario (2009/2010).
Secretaría Ejecutiva 2009-2010 
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